Созданный в 1941 году в помещении бывшего Московского купеческого клуба, театр до сих пор находится среди лучших в стране. Театр регулярно проводит танцевальные фестивали, а также находится в постоянном поиске и развитии, что немаловажно в наши дни, когда удивить публику постановками на театральной сцене становится все труднее.
Своим возникновением театр обязан слиянию двух творческих коллективов, одним из которых была Оперная труппа Большого театра, а другим — музыкальная студия Московского художественного театра. Название объединенного театра дали основатели этих двух коллективов — Константин Сергеевич Станиславский и Владимир Иванович Немирович-Данченко, который впоследствии возглавил объединенную труппу. Те принципы реализма, которые были названы системой Станиславского, были присущи обоим коллективам и их основателям. Они же и легли в основу созданного музыкального театра.
Интересным фактом из жизни театра является то обстоятельство, что во время войны он не был эвакуирован, как все московские театры, а продолжал свою работу, не забывая о премьерах, что для того времени казалось уж совсем нереальным. Основными жанрами, в которых работает Московский академический музыкальный театр, всегда были балет и опера. Отличительной особенностью театра всегда являлось то, что в своих постановках он делал акцент на новаторство и экспериментирование, благодаря чему быстро нашел своего зрителя и завоевал популярность. Ввиду того, что театр всегда был готов к чему-то новому и неординарному, с ним работали лучшие советские композиторы — в репертуаре присутствуют постановки Т.Хренникова, Д. Кабалевского и других. На суд зрителей было предложено настоящее монументальное произведение на музыку С. Прокофьева "Война и мир", а также была поставлена "Катерина Измайлова" - опера, написанная Д. Шостаковичем, и долгие годы находившаяся под запретом цензуры. Несмотря на наличие в советской стране "железного занавеса", сцена театра всегда была открыта для театральных деятелей со всего мира — балетмейстеры и хореографы ведущих мировых театров считали за честь сотрудничать с известным коллективом. До сих пор театр открыт для подобного сотрудничества, интерес к которому у зарубежных партнеров не иссякает.
Сегодня после реконструкции, произошедшей 10 лет назад, театр имеет две сцены — большой и малый залы, а также Музыкальная гостиная, сделанная для камерных концертов.