Мальчишка по имени Кубо живёт со своей матерью на одинокой горе, около океана. Хорошо запоминает всё, что рассказывает мать и имеет дар переводить простые рассказы в красивые легенды. Мать и сын живут вдвоём, но Кубо знает об отце по рассказам матери, и из всего, что слышит, слагает легенды. Он хочет быть таким же, как отец – сильным, благородным и преданным своему долгу и чести воином, настоящим самураем.
В размеренное течение жизни врываются некие неприглядного вида дамочки, называющие себя сёстрами, по сути, это древние духи, давно преследующие семейство мальчика. Кубо получает от мамы редкие способности и воспаряет к небесам как велела мама, это спасает ему жизнь, а духи накидываются на женщину и лишают её жизненных сил. Сын самурая видит эту картину, но он слишком маленький, чтобы противостоять древним духам.
Очнулся Кубо в незнакомом месте возле обезьянки, рассказывающей ему историю его семьи. Здесь он встречается с воином, который служил под предводительством отца Кубо и был его верным спутником. Теперь Кубо узнаёт, что он сын могущественного воина, что ему предстоит не только продолжить дело отца, но и совершить много собственных подвигов и завершить древнюю миссию, возложенную на их семейство много веков назад. Но где-то рядом находится коварный и жестокий человек, который не желает Кубо ни счастливого будущего, ни самой жизни. У мальчика постепенно раскрываются способности, о которых он и не подозревал, они и приведут его к победе.