Действие картины разворачивается в первой половине 20 века – в 1926 году. Сюжет непосредственно связан с небезызвестной по рассказам о Гарри Поттере школой магов и волшебников – Хогвартс. Но Гарри ещё только спустя 65 лет прочитает книгу о фантастических тварях, которую написал Ньютон Скамандер, также окончивший известную школу волшебников и являющийся главным героем настоящего фильма.
Скамандер увлекается разными сказочными животными и неприятными тварями, изучает их, систематизирует материал и составляет справочник. В это время в Нью-Йорке собираются маги и волшебники разной силы и ранга для участия в "Магическом Конгрессе США". На это статусное мероприятие приглашён и Скамандер, как специалист по малоизвестным волшебным и сказочным животным. В поездку он взял с собой чародейный чемодан, в который поместил своих любимцев – диковинных фантастических существ, которых изучал.
Любой увлечённый ученый бывает чуточку рассеянным, в момент такой рассеянности Скамандера все его волшебные чудные подопечные попросту сбежали. Теперь большой город на реке Гудзон пополнился диковинными "гостями" и никто, кроме незадачливого исследователя, не знает, чего от них можно ожидать. Полиция ищет беглецов и их хозяина, который тоже куда-то подевался. Параллельно с этими событиями внимание горожан привлекло активизировавшееся таинственное общество, которое собирается уничтожить всех волшебников.